Министерство РФ по налогам и сборам несет ответственность за полный и своевременный учет всех налогоплательщиков, за пра­вильное взыскание сумм налогов и примененных финансовых санкций. Излишне уплаченные или взысканные суммы налогов, пеней и штрафов подлежат возврату или идут в зачет в поряд­ке, предусмотренном НК РФ.
Причиненные налогоплательщику убытки возмещаются за счет федерального бюджета в порядке, предусмотренном НК РФ и ины­ми федеральными законами.

Споры, в частности, о возврате из бюджета денежных средств, списанных в бесспорном порядке в виде финансовых санкций, об обжаловании решений государственных органов об изъятии у организаций и граждан-предпринимателей денежных средств и иного имущества подведомственны арбитражному суду (ст. 29 АПК РФ).
Должностные лица Министерства РФ по налогам и сборам за невыполнение или ненадлежащее выполнение своих обязанно­стей привлекаются к уголовной, материальной или дисциплинар­ной ответственности.